Examinando por Autor "Gutiérrez Calle, Savina Alejandra"

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Capillary electrophoresis as a tool for genotyping SH3 mediated coffee leaf rust resistance
(Universidad Nacional de Trujillo, 2021-03-10) Gutiérrez Calle, Savina Alejandra; Sánchez Díaz, Rosa A.; Delgado Silva, Yolanda Bedsabé; Montenegro, Juan D.; Gutiérrez Reynoso, Dina Lida; Maicelo Quintana, Jorge Luis; Guerrero Abad, Juan Carlos
Coffee is an important agricultural commodity in the world. However, it is susceptible to Hemileia vastatrix (Hv), an obligatory biotrophic fungus that causes coffee leaf rust (CLR). Natural resistance to rust has been identified in the wild species Coffea canephora and Coffea liberica. These species have been used in breeding programs where interspecific resistant hybrids have been generated. The SH3 gene, derived from C. liberica, has been shown to confer extreme and long-lasting resistance to Hv. A total of 167 accessions of the INIA’s Coffee Germplasm Collection of Peru (INIA-CGC) were screened with 4 markers linked to the SH3 gene. As positive controls, EA67 (C. liberica) and the hybrid S.288 (C. arabica x C. liberica) were used. Separation of PCR products was done by capillary electrophoresis, which allow to discriminate the alleles of each marker. For three markers, specific alleles for either C. arabica or C. liberica species were found. In all cases, S.288 exhibited specific alleles for both species; whereas the INIA-CGC accessions had exclusively C. arabica alleles and EA67 had C. liberica alleles. The BA-48-21O-f marker did not produce PCR fragments for any of the positive controls, suggesting that this marker is not as predictive as the other three to determine the presence of SH3. This work reports the existence of multiple alleles for the Sat244 marker; however, the collection does not have the SH3 mediated-resistance gene. Finally, the utility of capillary electrophoresis as a tool to identify alleles linked to SH3 was demonstrated.
Microbiota endosimbionte de hembras adultas de meloidogyne javanica infectado por pasteuria penetrans
(Universidad Autónoma de Yucatán, 2022-09-02) Lindo Seminario, David Enrique; Mendez Farroñan, Sandra; Canta Ventura, Jorge Marino; Córdova Campos, José; Condemarín Montealegre, Carlos; Gutiérrez Calle, Savina Alejandra; Morales Pizarro, Arturo; Mialhe Matonnier, Eric
Antecedentes: Pasteuria penetrans es una bacteria no cultivable que parasita obligadamente a varias especies de nemátodos fitopatógenos. Factores endógenos reproductivos femeninos, vegetales o microbianos desconocidos son indispensables para la multiplicación y formación de endosporas de P. penetrans. Objetivo: Caracterizar las endosporas de P. penetrans mediante la secuenciación del gen 16S ARNr en muestras de hembras adultas de Meloidogyne javanica infectadas y microbiota de hembras adultas de M. javanica infectadas y no infectadas con P. penetrans mediante secuenciamiento de alto rendimiento de la región hipervariable V4 del gen 16S ARNr. Metodología: Se colectaron las raíces infectadas de viñedos, se extrajo nemátodos juveniles (J2) infectivos frescos para fijación de endosporas de P. penetrans y su inoculación en plantas de tomate. El ADN genómico y metagenómico de hembras adultas de M. javanica infectadas y no infectadas se extrajo para su secuenciamiento a partir de la región V4 del gen 16S ARNr de P. penetrans y su microbioma bacteriano. Las secuencias generadas fueron procesadas mediante software bioinformáticos para los análisis de índices de alfa y beta diversidad del microbioma bacteriano. Resultados: Se obtuvo un amplicón de 550 pares de bases con 98% identidad y homología a P. penetrans. El perfil taxonómico reveló la mayor diversidad y riqueza bacteriana en la microbiota relacionada a hembras adultas infectadas, siendo Proteobacteria la que se presentó en ambas muestras entre 45 al 83%, seguido de Firmicutes, Actinobacteria y Bacteroidetes con 19, 11 y 8% respectivamente a nivel de filo. Asimismo, se identificó géneros más abundantes asociados a la microbiota nativa del nemátodo adulto tales como Pseudomonas, Flavobacterium y Chitinophaga al 82,5, 15 y 2% respectivamente. En las hembras infectadas se registró a Paenibacillus, Pasteuria, Pseudomonas y Streptomyces con el 45, 7, 6 y 5% respectivamente, los más abundantes. Implicaciones: Los resultados sugieren la existencia géneros bacterianos en hembras de M. javanica infectadas involucrados en el desarrollo in vivo de endosporas de P. penetrans. Conclusiones: Esto revelaría una reducción del dominio de Pseudomonas favoreciendo la colonización de diferentes bacterias que cohabitan con P. penetrans, siendo este cambio en la composición microbiana un posible factor que favorece la multiplicación de endosporas de P. penetrans dentro del hospedero.